Das Dorf Lütisburg ist auf einer Höhe von rund 580 m.ü.M angesiedelt. Mit 538.66 m.ü.M. ist die Mühlau der geographisch tiefste Punkt der Gemeinde Lütisburg. Der höchste Punkt liegt mit 863.6 m.ü.M. im Oberschauenberg. Das Gemeindegebiet grenzt an die Gemeinden Bütschwil-Ganterschwil, Mosnang, Kirchberg, Jonschwil, Oberuzwil, Degersheim und Neckertal.
Trotz ihres ländlichen Charakters ist die Gemeinde Lütisburg sehr zentral gelegen. Dank einer verkehrsmässig optimalen Erschliessung sind die grösseren Zentren Wil (10 Minuten), St.Gallen (20 Minuten) und Zürich (40 Minuten) mit dem Auto rasch erreichbar. Ebenfalls verfügt Lütisburg über eine eigene Bahnhaltestelle (Lütisburg Station), welche direkt an der SBB-Strecke Wil-Wattwil liegt. Nicht zuletzt wird auch das Postautonetz nach Flawil, Bütschwil und Ganterschwil rege genutzt und geschätzt.
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